Urodził się prawdopodobnie w 1181 roku w Asyżu, jako dziecko w bogatej mieszczańskiej rodzinie Bernardone. Choć na Chrzcie św. otrzymał imię Jan, to nazywany był przez swego ojca Piotra Franciszkiem.
Jako młody człowiek pomagał swemu Ojcu w handlu suknem i przewodził asyskiej młodzieży w ich zabawach. W 1202 r. wziął udział w wojnie Asyża z Perugią, co zakończyło się jego uwięzieniem i chorobą. Wykupiony przez ojca powrócił do swego miasta rozwijając marzenia o zostaniu rycerzem. W tym to celu udał się w kierunku Apulii, jednak tajemnicza wizja w Spoleto, w której Bóg zapytał go, czy lepiej jest służyć Panu, czy słudze, zapoczątkowała jego powolną przemianę.
Franciszek zaczął teraz życie umartwienia oddając się posłudze trędowatym.
„Franciszku! Idź i odbuduj mój dom!” – ten głos dochodzący do niego z krzyża w kościele św. Damiana, skłonił go do podjęcia konkretnych działań, jednak w bardzo dosłownym znaczeniu. Franciszek zajął się bowiem odbudową kościółka (oraz dwóch innych) i tu też wygłosił proroctwo, iż będą w nim mieszkać Ubogie Panie, czyli św. Klara ze swoją wspólnotą.
Prace i niespodziewane zachowanie Franciszka spotkały się z dezaprobatą jego ojca. W końcu doszło do zatargu rozwiązanego publicznie przed Biskupem Asyża Gwidonem. Franciszek zrzekł się swego dziedzictwa i obnażając się ogłosił, że teraz jedynie Bóg jest jego Ojcem.
Przyoblekł się w pokutną tunikę w kształcie krzyża i rozpoczął ewangeliczną drogę życia. Przez krótki czas przebywał jako oblat w klasztorze benedyktynów w Gubbio, szybko jednak pociągnęły go słowa Chrystusa o rozesłaniu Apostołów, dlatego też rozpoznał swoje powołanie do apostolskiego życia w ubóstwie.
Wkrótce zaczęli gromadzić się wokół niego pierwsi naśladowcy, dlatego w 1209 lub 1210 uzyskał od papieża Innocentego III ustne zatwierdzenie swej formy życia. Prawdopodobnie także w tym czasie przyjął święcenia diakonatu.
Kontynuował swoje przepowiadanie niemal w całych Włoszech. W 1212 roku przyjął do życia pokutnego Klarę z Asyżu, dając początek II Zakonowi.
Franciszek pałał żarliwością w głoszeniu Ukrzyżowanego i Bożej miłości do człowieka, co pchnęło go do dwóch podróży do Syrii i do Maroka. Swych braci wysyłał do Niemiec, na Węgry, do Hiszpanii, Francji i Syrii, a w 1219 r. pięciu misjonarzy do Maroka (pierwsi męczennicy franciszkańscy). W tym samym roku udał się z krzyżowcami do Egiptu, gdzie spotkał się z sułtanem.
Po powrocie do ojczyzny w związku ze sporami o ubóstwo i kształt rozrastającej się niesamowicie wspólnoty (było już ok. 5000 braci!), zredagował w 1221 r. w Fonte Colombo ustawy, przeredagowane przez Kard. Hugolina, a następnie zatwierdzone jako Reguła w 1223 r.
W tym samym roku, dla uczczenia narodzin Chrystusa, urządził w Greccio misterium Bożonarodzeniowe – pierwszą „szopkę”.
Uwieńczeniem życia skierowanego na upodabnianie się do Ubogiego Chrystusa była stygmatyzacja Franciszka na Górze Alwernii w 1224 r. Dwa lata później (3 X 1226) zmarł w kościele Matki Bożej Anielskiej, który uważał za kolebkę Zakonu.
Franciszkowa miłość do Trójjedynego Boga i każdego człowieka, jego wierność i oddanie Kościołowi Katolickiemu oraz powszechne braterstwo i miłość do całego stworzenia, stały się zaczątkiem duchowości, która wydała wielu świętych i do dnia dzisiejszego jest niezwykle żywa, inspirując do wejścia na drogę Ewangelii tak w życiu zakonnym jak i świeckim (III Zakon).